Qiagen, 334125, Panel de ARN CGP QIAseq xHYB (96)

Panel de sondas QIAseq xHYB para el enriquecimiento de dianas de ARN y la elaboración de perfiles genómicos completos. Panel fijo para 96 ​​muestras. Se requiere la compra adicional del kit de reactivos humanos QIAseq xHYB (96) para el enriquecimiento de la biblioteca.

Características

- Cubre más de 720 genes, detectando SNV, indeles, CNV, MSI, TMB y fusiones de ARN
- Analice variantes de ADN y ARN de una muestra emparejándolas con el kit QIAseq Multimodal DNA/RNA Lib
- Captura regiones desafiantes, incluidas regiones con alto contenido de GC
- Compatible con múltiples tipos de muestras, incluidas muestras FFPE y de biopsia líquida
- Personalice los paneles o amplíe la cobertura con sondas adicionales

Detalles del producto

Nombre del panel: Especificación
Panel de ADN QIAseq xHYB CGP: detecta SNV e indels en 724 oncogenes y genes supresores de tumores; admite análisis TMB y MSI
Panel de ARN CGP QIAseq xHYB: detecta fusiones, empalmes y omisiones de exones en 274 genes
Panel QIAseq xHYB DNA Fusion y MSI+: en ausencia de ARN, detecta fusiones de ADN en 50 genes; se dirige a >4000 marcadores MSI para un análisis MSI optimizado; diseñado para muestras de cfDNA y se puede utilizar como un panel independiente o como complemento del panel de ADN QIAseq xHYB CGP

- Identifique regiones de interés específicas con paneles totalmente personalizados
- Amplíe sin problemas la cobertura del panel QIAseq xHYB CGP existente
- Aumente la cobertura agregando sondas adicionales para obtener conocimientos más profundos sobre los biomarcadores.

Los paneles QIAseq xHYB CGP están cuidadosamente seleccionados para un perfil genómico completo (CGP). Estos paneles se centran en regiones genómicas clave, incorporando genes con variantes procesables e interpretables provenientes de la Base de Datos de Mutaciones Somáticas Humanas (HSMD) mediante filtros de procesabilidad de nivel 1 y nivel 2. Además, se ajustan a las guías de práctica clínica recomendadas por diversas organizaciones, lo que garantiza una alta cobertura de regiones críticas en más de 720 genes. El diseño optimizado de la sonda garantiza la captura eficiente de regiones complejas, incluyendo áreas con alto contenido de GC, lo que proporciona datos fiables de las muestras más complejas, como las muestras FFPE y de ADN libre.

Los paneles QIAseq xHYB CGP se pueden combinar con el kit de biblioteca de ADN/ARN multimodal QIAseq para obtener un perfil genómico completo a partir de una única muestra de ácido nucleico total.

Elija el panel CGP adecuado para sus necesidades de investigación:

Personaliza el panel CGP según tus variantes de interés:

Actuación

Características: Especificaciones
Variantes llamadas: SNV, InDels, CNV, fusiones y variantes de empalme
Firmas genómicas llamadas: TMB, MSI
Tiempo total de respuesta: 1,5 días desde el ácido nucleico hasta la biblioteca lista para secuenciar
Multiplexación de muestras para captura híbrida: hasta 8 plex
Especie: Humana
Tipos de muestras especializadas: FFPE, cfDNA
Entrada de ácido nucleico: 40 ng de ADN, 40–80 ng de ARN Nota: La reducción de la entrada puede afectar la detección de variantes por debajo del límite de detección de VAF del 5 %.
Sensibilidad analítica: >95% (pequeñas variantes, 5% VAF)
Especificidad analítica: >99,995% (variantes pequeñas, 5% VAF)
Lecturas brutas recomendadas (en millones) Basado en 2 x 150 pb: 75 millones para ADN FFPE, 25 millones para ARN FFPE
Software de análisis de datos recomendado: QIAGEN CLC Genomics Workbench para análisis secundario QIAGEN Clinical Insight para análisis terciario
Tiempo total de ensayo: 5 días desde la muestra hasta el informe terciario

- Para las muestras FFPE, la combinación de los paneles de ADN y ARN proporciona una visión completa de las alteraciones genómicas, incluidos SNV, indeles, CNV, TMB, MSI y fusiones de ARN.
- Para muestras de biopsia líquida, la combinación del panel de ADN con el panel Fusion y MSI+ mejora la sensibilidad para detectar fusiones oncogénicas en 50 genes y mejora la detección de MSI en cfDNA de bajo aporte.

Alta uniformidad de cobertura y sensibilidad

Los paneles QIAseq xHYB CGP ofrecen una uniformidad de cobertura excepcional, garantizando una cobertura de más del 99 % de las bases diana con una precisión de ≥20x, independientemente del contenido de GC. Esto permite una detección de variantes altamente sensible, con una sensibilidad combinada de más del 95 % y una especificidad de más del 99,995 % para variantes pequeñas, a la vez que minimiza la pérdida de datos.

Entrega rápida

Con tiempos de hibridación de tan solo 30 minutos y compatibilidad total con la automatización, los paneles QIAseq xHYB CGP proporcionan resultados reproducibles, rápidos y de alta calidad. En combinación con el kit de bibliotecas multimodales de ADN/ARN QIAseq, permiten la elaboración de perfiles genómicos completos a partir de una única muestra de ácidos nucleicos. El flujo de trabajo optimizado integra índices moleculares únicos (UMI) para mayor precisión, lo que permite obtener bibliotecas listas para secuenciar en tan solo 1,5 días.

Flexibilidad del tipo de muestra

Los paneles QIAseq xHYB CGP permiten la creación de perfiles genómicos completos a partir de muestras de biopsia líquida y FFPE, lo que garantiza información precisa y práctica para aplicaciones de investigación traslacional.

Principio

Los paneles QIAseq xHYB CGP utilizan un enfoque de enriquecimiento de dianas basado en la captura de hibridación para enriquecer específicamente secuencias seleccionadas del genoma humano asociadas con variantes conocidas de bibliotecas indexadas de genoma completo o transcriptoma completo. El flujo de trabajo flexible permite la captura simultánea de híbridos de hasta 8 muestras con tan solo 200 ng de entrada por biblioteca.

Una vez que las sondas hibridan con sus dianas, los híbridos sonda-diana se unen a las esferas magnéticas recubiertas de estreptavidina mediante la interacción con la biotina presente en las sondas. A continuación, se utiliza un imán para mantener estas esferas con los híbridos sonda-diana pegadas a la pared del tubo mientras se elimina el ADN no unido, lo que reduce los efectos fuera de la diana. Las dianas se amplifican y se preparan para la secuenciación.

Procedimiento

El kit QIAseq Multimodal DNA/RNA Library se recomienda para la preparación de bibliotecas de genoma completo y transcriptoma completo (WGS/WTS) antes de la captura híbrida con los paneles QIAseq xHYB CGP. Otros kits de preparación de bibliotecas WGS/WTS también son compatibles, siempre que las bibliotecas se preparen sin modificaciones con biotina. El kit QIAseq Multimodal DNA/RNA Library se inicia con una única muestra de ácido nucleico total y produce bibliotecas de ADN y ARN para un mayor enriquecimiento de la diana, con puntos de parada seguros para proceder solo con ADN, solo con ARN o con ambos. A continuación, se realiza el enriquecimiento de la diana mediante captura híbrida utilizando el flujo de trabajo QIAseq xHYB CGP, seguido de la secuenciación.

Los archivos FASTQ resultantes se cargan en el flujo de trabajo QIAseq xHYB CGP dentro de QIAGEN CLC Genomics Workbench para su filtrado, mapeo de lecturas y búsqueda de variantes. El resultado VCF se carga en QIAGEN Clinical Insight – Interpret (QCI-I), lo que permite una cascada de filtrado de variantes que facilita la priorización de variantes para una interpretación basada en la evidencia.

Aplicaciones

- Evaluar TMB y MSI para optimizar los resultados de la inmunoterapia
- Monitorear los cambios en las mutaciones y fusiones a lo largo del tiempo para estudiar la heterogeneidad y la resistencia de los tumores.
- Consolide datos genómicos completos en un solo ensayo para optimizar la eficiencia de la investigación
- Detectar alteraciones procesables para validar la eficacia del tratamiento específico

Los paneles QIAseq xHYB CGP brindan información genómica integral para avanzar en la investigación del cáncer: