Qiagen, 334512, kit microbiano Hyb+Lib QIAseq xHYB (24)

Contiene todos los reactivos de preparación de biblioteca, índice y captura híbrida para la preparación y enriquecimiento de 24 muestras utilizando el flujo de trabajo QIAseq xHYB Microbial.

Características

- Permite la secuenciación del genoma completo de Mycobacterium tuberculosis (MTB) sin necesidad de cultivo bacteriano.
- Cubre todos los marcadores de resistencia a los antimicrobianos (RAM) de la tuberculosis
- Diseñado según los siete linajes principales de MTB para un análisis exhaustivo
- Utiliza enriquecimiento de captura híbrida y química QIAseq xHYB

Detalles del producto

El panel QIAseq xHYB Mycobacterium tuberculosis permite la secuenciación completa del genoma (WGS) sin cultivo de la tuberculosis a partir de muestras como esputo o líquido cefalorraquídeo (LCR), agilizando el proceso y facilitando la detección y caracterización rápidas de cepas de MTB.

Actuación

- Cobertura integral: WGE permite la detección de mutaciones y variaciones en todo el genoma de MTB, incluidas las regiones no codificantes y los elementos reguladores.
- Detección mejorada de resistencia a los antimicrobianos: WGE detecta nuevos marcadores de resistencia a los antimicrobianos y proporciona una evaluación integral de los determinantes genéticos de la resistencia a los medicamentos.
- Identificación de linaje: WGE determina con precisión el linaje y la relación filogenética de las cepas de MTB, ofreciendo información valiosa sobre la dinámica de transmisión y la epidemiología de MTB.
- A prueba de futuro: La WGE permite el análisis retrospectivo de muestras anteriores. Además, si necesita reanalizar las muestras en el futuro, las muestras preparadas con WGE pueden analizarse para detectar marcadores genéticos y mecanismos de resistencia a fármacos recién descubiertos.

Gracias al enriquecimiento completo del genoma (WGE) dirigido, el panel QIAseq xHYB Mycobacterium tuberculosis brinda una cobertura de alto nivel de todo el genoma de MTB, incluso a partir de muestras de menor calidad (Figura 1, Figura 2, Figura 3).

Beneficios de la WGE sobre los enfoques de amplicones específicos

Principio

El panel QIAseq xHYB Mycobacterium tuberculosis utiliza WGE dirigida, en la que las sondas de captura híbrida se distribuyen por todo el genoma de MTB. El panel está diseñado con múltiples secuencias representativas de cada uno de los siete linajes principales de MTB, lo que permite una cobertura completa de la diversidad de MTB. El panel abarca todos los genes conocidos relacionados con la resistencia.

Procedimiento

Construcción de la biblioteca de ADN QIAseq FX

Tanto el ADN genómico aislado como el ácido nucleico total pueden convertirse en bibliotecas NGS compatibles con Illumina utilizando el kit de bibliotecas de ADN QIAseq FX. Los productos de ADN se cortan enzimáticamente, el ADN fragmentado se repara en sus extremos y se añade una "A" al extremo 3'. Se ligan los adaptadores específicos de la plataforma Illumina. Estos adaptadores contienen las secuencias necesarias para la unión de la biblioteca durante la secuenciación en celdas de flujo. Tras la purificación, las bibliotecas se amplifican para generar suficientes rendimientos para la reacción de captura de híbridos.

Captura híbrida

Las bibliotecas precapturadas se hibridan con las sondas QIAseq xHYB de Mycobacterium tuberculosis. Los híbridos sonda-diana se unen a microesferas magnéticas recubiertas de estreptavidina y se lavan. Las bibliotecas enriquecidas se amplifican y se preparan para la secuenciación en sistemas Illumina.

Análisis

El FASTQ resultante puede analizarse con QIAGEN CLC Genomics Workbench o con cualquier método compatible con la secuenciación WGS de MTB. CLC Genomic Workbench proporciona un informe completo sobre la designación del linaje de MTB, la espoligotipificación y los genes asociados a la resistencia.

Aplicaciones

- Asignación de linaje MTB
- Tipificación de resistencia
- Vigilancia de brotes en tiempo real

QIAseq xHYB Mycobacterium tuberculosis es ideal para laboratorios clínicos, agencias de salud pública e instituciones de investigación que buscan un panel sólido para la vigilancia e investigación de MTB.

Este panel se puede utilizar para: