Qiagen, 334594, ARN portador poli-C QIAseq (50)

50 reacciones de ARN transportador poli-C. Se puede sustituir por ARN transportador poli-A. Recomendado para usar con el panel QIAseq xHYB HepC y para la secuenciación completa del viroma.

Características

- Detecta y secuencia objetivos microbianos con confianza, facilidad y eficiencia.
- Multiplexa hasta 384 muestras cuando se combina con el kit de biblioteca de ADN QIAseq FX
- Elimina el cuello de botella de datos y reduce el tiempo de respuesta general con un análisis rápido de datos y una interpretación de variantes.
- Diseñe su panel personalizado para apuntar a cualquier conjunto de especies microbianas de su elección

Detalles del producto

El panel respiratorio QIAseq xHYB incluye sondas para el enriquecimiento del genoma completo, la detección y la caracterización de 89 objetivos virales separados, incluidos: SARS-CoV-2, virus de la influenza, rinovirus, virus de la parainfluenza, enterovirus y más.

El panel QIAseq xHYB Viral STI ofrece enriquecimiento, detección y caracterización dirigidos y de alta calidad de VHB, VIH-1 y 19 tipos de VPH de alto riesgo, incluidos los tipos 16 y 18.

El panel QIAseq xHYB AMR ofrece enriquecimiento, secuenciación y detección específicos de más de 2780 genes AMR únicos (más de 6200 marcadores AMR).

El panel de agentes adventicios QIAseq xHYB ofrece un enriquecimiento específico para la detección de 132 objetivos virales separados, incluidos: adenovirus humano, norovirus, rotavirus, virus de la influenza, SARS-CoV-2, VPH, virus de Epstein-Barr, VIH, virus del Zika, virus de la hepatitis y más.

El panel QIAseq xHYB HepC enriquece el genoma completo de todos los genotipos del VHC, lo que permite una caracterización exhaustiva de toda la diversidad viral. El panel QIAseq xHYB HepC puede combinarse con cualquier otro panel viral y bacteriano QIAseq xHYB.

El panel QIAseq xHYB MPXV ofrece un enriquecimiento específico de todo el genoma de MPXV, incluyendo las ITR. El panel MPXV es compatible con todos los clados conocidos de MPXV. El panel QIAseq xHYB MPXV puede combinarse con cualquier otro panel viral y bacteriano QIAseq xHYB.

¿No encuentra el objetivo que busca? Cree su propio panel microbiano personalizado QIAseq xHYB en GeneGlobe para identificar cualquier especie microbiana. Los paneles personalizados pueden usarse solos o combinados con cualquier otro panel viral y bacteriano QIAseq xHYB.

Actuación

Solución de caja única de alta calidad

Todos los paneles virales y bacterianos QIAseq xHYB incluyen todos los materiales necesarios para la síntesis de ADNc y el enriquecimiento de todas las dianas. Al combinarlos con el kit UDI de biblioteca de ADN QIAseq FX, se pueden crear bibliotecas listas para secuenciar, compatibles con las plataformas Illumina. Los kits QIAseq xHYB Hyb&Lib incluyen todos los reactivos necesarios para la preparación de la biblioteca y la captura de híbridos de la muestra microbiana.

Nuevo diseño de sonda

La captura híbrida enriquece la secuencia diana, a la vez que permite la tolerancia a los desajustes que pueden ocurrir en cepas no anotadas o emergentes. La captura híbrida permite la identificación eficiente de un panel de genomas virales o genes bacterianos, ya que el número de sondas se puede ampliar de forma rentable.

Multiplexación

Los paneles virales y bacterianos QIAseq xHYB permiten la multiplexación de alto nivel en secuenciadores de alto rendimiento con hasta 384 UDI disponibles. Dos paneles virales y bacterianos QIAseq xHYB se pueden combinar en un único flujo de trabajo.

Análisis de datos

Al combinarse con el portal de análisis de GeneGlobe o QIAGEN CLC Genomics Workbench, los paneles proporcionan datos que se pueden analizar rápidamente. Los datos de secuenciación permiten identificar variantes en diferentes muestras, así como comparar con múltiples genomas, desde genomas de referencia de consenso hasta uno de los muchos genomas que se han cargado desde todo el mundo. El análisis a través de GeneGlobe está incluido con la compra de cualquier panel viral o bacteriano QIAseq xHYB.

Principio

Los genomas y genes microbianos son muy diversos, especialmente en el caso de los genomas virales. Los genomas virales presentan una gran diversidad en morfología, tamaño y organización genómica, ya que pueden estar compuestos de ADN o ARN, y en el caso de los retrovirus, de ambos. Además, algunos virus pueden existir como episomas o integrarse en el genoma del huésped. El tamaño de los genomas de los patógenos virales humanos puede variar desde unos pocos miles hasta varios cientos de miles de bases. Además, pueden organizarse en una sola molécula de ADN o ARN o segmentarse en varias moléculas, como ocurre en los virus de la gripe, que contienen ocho segmentos de ARN monocatenario.

Además de los genomas virales, los genes bacterianos de resistencia a los antimicrobianos también presentan una gran diversidad, lo que refleja la gran cantidad de clases de antibióticos y mecanismos de resistencia utilizados. Si bien la secuenciación profunda es capaz de detectar firmas antimicrobianas, carece de la sensibilidad de los métodos de secuenciación dirigida.

Para abordar los desafíos de la secuenciación de genes y genomas microbianos, se han desarrollado paneles de captura híbridos para producir bibliotecas microbianas de alta calidad. Estos paneles se utilizan con bibliotecas generadas tras la conversión de ARN en ADNc bicatenario, que posteriormente se amplifican e indexan mediante el kit de biblioteca de ADN QIAseq FX con UDI. La captura híbrida enriquece la secuencia diana, a la vez que permite la tolerancia a los desajustes que pueden ocurrir en cepas no anotadas o emergentes. Además, la captura híbrida permite la selección eficiente de un panel de genomas virales o genes bacterianos, ya que el número de sondas se puede ampliar de forma rentable.

Procedimiento

Los paneles virales y bacterianos QIAseq xHYB son compatibles con los flujos de trabajo de ARN, ADN y TNA. Al comenzar con ADN, es posible comenzar con la construcción de bibliotecas utilizando el kit de bibliotecas de ADN QIAseq FX.

Conversión de ARN en ADNc bicatenario

Al comenzar con ARN o TNA, el flujo de trabajo del panel viral y bacteriano QIAseq xHYB comienza con la conversión del ARN total de la muestra en ADNc. El producto de la transcripción inversa se convierte posteriormente en ADNc bicatenario, que se utiliza como insumo para la construcción de la biblioteca de ADN QIAseq FX tras la limpieza con QIAseq Bead.

Construcción de la biblioteca de ADN QIAseq FX

El producto de ADNc purificado se convierte en bibliotecas NGS compatibles con Illumina mediante el kit QIAseq FX DNA Library. Este kit también genera bibliotecas a partir de ADN genómico si la muestra lo contiene (ya sea como ácido nucleico total o ADN genómico aislado). Los productos de ADN bicatenario purificados se cortan enzimáticamente, el ADN fragmentado se repara en sus extremos y se añade una "A" al extremo 3'. El producto está listo para la ligadura de adaptadores, donde los adaptadores específicos de la plataforma Illumina se ligan a ambos extremos de los fragmentos de ADN. Los adaptadores contienen las secuencias necesarias para que las bibliotecas se unan a la celda de flujo para la secuenciación. Tras la ligadura de adaptadores, las bibliotecas se purifican mediante QIAseq Beads, que eliminan cualquier adaptador libre. A continuación, las bibliotecas se amplifican para generar cantidades suficientes para la reacción de captura de híbridos.

Captura híbrida

Una vez generadas las bibliotecas de precaptura, se hibridan con las sondas QIAseq xHYB. Tras una hibridación nocturna, los híbridos sonda-diana se unen a microesferas magnéticas recubiertas de estreptavidina y se lavan para eliminar cualquier fragmento de biblioteca no unido. Las bibliotecas enriquecidas se amplifican y se preparan para la secuenciación en sistemas Illumina.

Análisis

El FASTQ resultante puede analizarse a través del portal de análisis de GeneGlobe o mediante QIAGEN CLC Genomics Workbench. El análisis mediante GeneGlobe está incluido en los paneles virales y bacterianos QIAseq xHYB. Ofrece una visión general simplificada de los resultados de secuenciación para la identificación y cuantificación de especies virales o genes de resistencia a los antimicrobianos detectados en cualquier muestra. CLC Genomic Workbench también está disponible para un análisis más profundo de identificación taxonómica, análisis de variantes, árboles filogenéticos y sitios de integración viral.

Aplicaciones

- Detección de variantes
- Vigilancia ambiental y poblacional
- Perfil taxonómico viral
- Identificación de patógenos

Los paneles virales y bacterianos QIAseq xHYB permiten la detección, secuenciación y caracterización de dianas virales y de resistencia a los antimicrobianos (RAM). Estas bibliotecas de alta calidad permitirán: