Qiagen, 334602, Panel QIAseq RNA Fusion XP (12)

Kit que contiene TODOS los reactivos (excepto los índices) suficientes para procesar 12 muestras para el análisis de secuenciación de ARN de fusiones de genes, expresión génica y SNP/InDel de ARN.

Características

- Incorpora tecnología de enriquecimiento QIAseq para mayor flexibilidad de diseño
- Los índices moleculares únicos (UMI) eliminan los duplicados de PCR y maximizan la sensibilidad y la especificidad
- Totalmente personalizable
- Flujo de trabajo optimizado y grupo de enriquecimiento de un solo tubo para una fácil configuración
- Excelente solución para tipos de muestras difíciles como FFPE

Detalles del producto

QIAseq RNA Fusion XP permite el análisis combinado de la fusión de ARN con SNV y la expresión génica a partir de una sola muestra, lo que le permite obtener la compleja información de ARN-seq que su investigación requiere. QIAGEN ha aprovechado nuestro contenido de diseño cuidadosamente seleccionado y nuestras inigualables capacidades de análisis personalizados para ofrecer una flexibilidad de NGS sin precedentes. Muchos otros sistemas de detección de fusiones presentan una alta tasa de falsos positivos (FP) debido a la alta sensibilidad que requieren estos análisis. Sin embargo, los paneles dirigidos QIAseq Fusion XP destacan entre los demás y ofrecen una tasa de FP extremadamente baja y una alta sensibilidad de detección de fusiones.

Al incorporar nuestra Tecnología de Enriquecimiento QIAseq, que requiere solo un cebador específico para cada diana, los paneles QIAseq Fusion XP Targeted ofrecen una flexibilidad excepcional para la identificación de fusiones y la superposición densa de regiones SNV de interés. Además, todos los kits están optimizados para su uso con nuestros exclusivos adaptadores de doble índice (UDI) para los sistemas de secuenciación Illumina®. Nuestra colección de paneles catalogados incluye dianas específicas para sarcoma, leucemia, linfoma y otras aplicaciones oncológicas, y nuestros paneles personalizados son totalmente personalizables y admiten diseños tanto a nivel de gen como basados ​​en transcripción.

Actuación

Los paneles QIAseq RNA Fusion XP ofrecen una eficiencia y sensibilidad excepcionales. Un análisis con tan solo 5 ng de ARN control como entrada permitió la detección exitosa de dieciocho fusiones de genes de ARN clínicamente relevantes (véase la figura "Eficiencia y sensibilidad excepcionales").

La cuantificación de la expresión génica relativa mediante NGS está muy influenciada por el recuento de lecturas, e incluso con el uso de índices moleculares únicos (UMI), se verá afectada por la cantidad de ARN de entrada, la profundidad de lectura de la secuenciación y otros factores. Sin embargo, los paneles dirigidos QIAseq Fusion XP permiten un análisis robusto de la expresión génica. El control de referencia interno integrado permite normalizar los niveles de expresión para diversas cantidades de muestra (véase la figura "Expresión génica de alta correlación con una diferencia de 5 veces en el ARN de entrada").

Los paneles QIAseq RNA Fusion XP también ofrecen una sensibilidad excepcional para la detección de SNP/InDels. Al analizar muestras de ARN GM12878, los paneles alcanzaron una sensibilidad del 93,4 % para SNP (VMF >=5 %) dentro de la región diana cubierta y expresada. Además, dado que los marcadores específicos del cáncer suelen residir en los exosomas, los paneles también pueden detectar SNP en exoARN (véase la figura "Detección de SNP/InDel de alta sensibilidad").

Procedimiento

El ARN total aislado (10 ng o incluso menos) se retrotranscribe con alta eficiencia para obtener ADNc de primera cadena, seguido de una robusta síntesis de ADNc de segunda cadena. En el siguiente paso de construcción de la biblioteca, se incorporan complejos adaptadores que contienen índices moleculares únicos (UMI) e índices de muestra al ADN bicatenario generado en el paso anterior. A continuación, se utiliza la tecnología de enriquecimiento QIAseq de QIAseq para enriquecer las dianas de interés, que pueden ser cualquier combinación de fusiones génicas, expresión génica y dianas de SNP/InDel. Finalmente, las bibliotecas se amplifican mediante PCR universal rápida, en la que se añade un segundo índice (indexación dual).

Aplicaciones

Los paneles QIAseq RNA Fusion XP utilizan tecnología de enriquecimiento QIAseq y tecnologías de índice molecular (UMI) únicas en NGS para ayudar a identificar y caracterizar eventos de genes de fusión, expresión genética y SNP/InDel a nivel de ARN.