Qiagen, 334707, Kit de liberación de ARN QIAseq UPXome HMR (384)

Para humanos, ratones, ratas y especies relacionadas; incluye reactivos de preparación de bibliotecas de ARN para 384 muestras; QIAseq FastSelect –rRNA HMR para la eliminación de ARN ribosómico citoplasmático y mitocondrial, QIAseq Beads y QIAseq Advanced Analysis para el portal de análisis de ARN-seq

Características

- Comience con 500 pg a 100 ng de ARN total o ARNm enriquecido
- El reactivo de eliminación de ARN QIAseq FastSelect integrado suprime el ARN ribosómico mitocondrial y citoplasmático u otros ARN no deseados
- Incluye protocolos para la construcción de bibliotecas para transcriptoma completo o 3' RNA-seq comenzando con ARN total o ARNm enriquecido
- La combinación Ultraplex de 8 a 24 reacciones de ADNc aumenta el rendimiento de las muestras al tiempo que reduce los desechos y los consumibles.
- Incluye acceso al Portal de análisis de ARN-seq para las especies compatibles

Detalles del producto

Los kits de biblioteca de ARN QIAseq UPXome permiten la construcción de bibliotecas de secuenciación de ARN (RNA-seq) de secuenciación de nueva generación (NGS) de alto rendimiento en un solo día para su uso con los instrumentos Illumina NGS. Estos kits de biblioteca de ARN permiten la agrupación de ADNc mediante ultraplex (UPX) y permiten la secuenciación del transcriptoma completo o RNA-seq 3' a partir de ARN total o ARNm enriquecido. Al combinarse con los kits de índice QIAseq UX Index IL UDI (se venden por separado), se pueden ultraplexar hasta 18 432 muestras en una sola celda de flujo.

La solución completa incluye acceso en línea al portal de análisis de RNA-seq (para las especies compatibles), que permite a los investigadores comenzar con archivos FASTQ y realizar alineamiento de lecturas, expresión génica diferencial y análisis de vías. Además, los ensayos de qPCR y PCR digital para verificación biológica se pueden identificar fácilmente en QIAGEN GeneGlobe tras el análisis de datos. Los kits de bibliotecas de ARN QIAseq UPXome también son compatibles con el software local a través de CLC Genomics Workbench de QIAGEN (se vende por separado).

Actuación

Los kits de bibliotecas de ARN QIAseq UPXome permiten crear bibliotecas de secuenciación de nueva generación (NGS) para el transcriptoma completo o la secuenciación de ARN 3', a partir de ARN total o ARNm enriquecido, según el flujo de trabajo seleccionado y el tipo de ARN utilizado. Esto permite a los investigadores elegir el tipo de biblioteca adecuado en función del ARN de entrada, el instrumento de secuenciación NGS, el presupuesto de lectura y los objetivos generales del proyecto. Se han creado con éxito bibliotecas de secuenciación de ARN a partir de ARN total de alta calidad, ARN FFPE fragmentado y ARNm enriquecido.

Para ver datos de demostración, inicie sesión en el portal de análisis de RNA-seq y vaya a la carpeta QIAseq UPXome RNA Library, o descargue archivos FASTQ para verlos en su canalización (Biblioteca de datos de muestra).

Principio

Los kits de biblioteca de ARN QIAseq UPXome tienen varias ventajas innovadoras en comparación con otros kits de biblioteca de ARN:

En primer lugar, la integración de QIAseq FastSelect en el flujo de trabajo permite la eliminación rápida y eficiente del ARN ribosómico durante la fragmentación y la síntesis de ADNc. En un solo paso, QIAseq FastSelect elimina hasta el 99 % del ARNr no deseado, incluso al comenzar con muestras complejas o en casos donde el ARN ya está degradado, como las muestras fijadas en formalina e incluidas en parafina (FFPE).

En segundo lugar, durante la transcripción inversa, cada transcripción incorpora un identificador de muestra único. Tras la transcripción inversa, se agrupan de 8 a 24 muestras de ADNc (ultraplexación) y todos los pasos posteriores de construcción de la biblioteca se realizan en un solo tubo. Esto simplifica la preparación de la biblioteca de ARN-seq, lo que resulta en un rendimiento mucho mayor que los métodos tradicionales de preparación de bibliotecas mediante NGS. Esta mayor productividad puede lograrse simplemente realizando preparaciones manuales de la biblioteca o ampliarse aún más mediante la automatización de los protocolos.

Durante la indexación de muestras y la amplificación final de la biblioteca, se pueden utilizar hasta 768 índices duales únicos diferentes. Con el protocolo estándar, se pueden secuenciar conjuntamente hasta 18 432 muestras (24 muestras por pool x 768 índices duales únicos).

Procedimiento

Para los estudios del transcriptoma, el ARN total se fragmenta aleatoriamente y QIAseq FastSelect bloquea el ARN ribosómico y el ARN no deseado. El ARN fragmentado se somete a retrotranscripción para generar ADNc, que se etiqueta con un ID de muestra único. Para los estudios de ARNm-seq, las muestras se enriquecen con ARNm y se fragmentan aleatoriamente. A continuación, el ARNm se retrotranscribe para generar ADNc, que contiene un ID específico de la muestra. Puede crear bibliotecas de transcriptoma completo o de ARNm-seq 3' simplemente modificando la reacción de retrotranscripción.

Tras la síntesis de ADNc, se agrupan de 8 a 24 muestras en una única biblioteca gracias a la incorporación de los identificadores específicos de cada muestra. Esta agrupación ayuda a aumentar el rendimiento de la biblioteca con muestras de entrada más pequeñas. Cada biblioteca se amplifica y se añaden índices duales únicos mediante los kits de índices QIAseq UX en un solo paso de PCR. Las bibliotecas se cuantifican para determinar el rendimiento y el tamaño de los fragmentos, se agrupan y se analizan en un instrumento Illumina NGS.

Los archivos FASTQ se pueden cargar en QIAGEN GeneGlobe para su uso con el Portal de análisis de ARN-seq para demultiplexación de muestras, expresión genética diferencial y análisis de vías mediante algoritmos y canales NGS de uso común diseñados específicamente para bibliotecas QIAseq UPXome.

Aplicaciones

Los kits de bibliotecas de ARN QIAseq UPXome permiten la construcción de bibliotecas para la identificación de transcripciones, el descubrimiento de genes de fusión y la expresión génica de alto rendimiento. El ARN de entrada puede ser de alta calidad o fragmentado, lo que permite crear bibliotecas de ARN-seq de tejidos, exosomas, muestras FFPE y líneas celulares. También se admite el ARN de muestras eucariotas, procariotas y de hongos.