Qiagen, 335035, Kit de ADN multimodal QIAseq-MechFrag (96)

El kit QIAseq Multimodal DNA-MechFrag (96) contiene reactivos (excepto índices) necesarios para procesar 96 muestras para la secuenciación WG (96 bibliotecas WGS) a partir de material ya fragmentado.

Características

- Preparación simultánea de bibliotecas WGS y WTS a partir de una única muestra (compatible con varios tipos)
- UMI integrados para bibliotecas de ADN y ARN para una mayor sensibilidad
- Compatible con enriquecimiento de objetivos basado en captura híbrida descendente
- QIAseq FastSelect integrado: eliminación de HMR de ARNr para un rendimiento optimizado
- Flujo de trabajo de un solo día desde las muestras hasta las bibliotecas de secuenciación

Detalles del producto

El kit QIAseq Multimodal DNA/RNA Library permite la construcción de bibliotecas de secuenciación del genoma completo (WGS) y del transcriptoma completo (WTS) a partir de ácidos nucleicos totales o de ADN y ARN aislados por separado. Cada molécula está etiquetada con un índice molecular único (UMI), lo que mejora la precisión de los datos de secuenciación. Ideal para la detección sensible de biomarcadores de ADN y ARN, como variantes de un solo nucleótido (SNV), inserciones-deleciones (InDels), variaciones en el número de copias (CNV), fusiones, eventos de omisión de exón y niveles de expresión génica, este kit es ideal para estudios que involucran células, tejidos (frescos, congelados y FFPE) y biofluidos en diversos campos, como la investigación oncológica y genética. Este kit permite estudios multiómicos utilizando diferentes modalidades para una comprensión integral de la biología molecular de las variaciones genéticas, lo que conduce a un conocimiento más profundo y amplio.

Actuación

Permite la preparación de bibliotecas de ADN y ARN a partir de ácido nucleico total con un flujo de trabajo de un solo día y alta flexibilidad.

El kit de bibliotecas multimodales de ADN/ARN QIAseq está diseñado para ofrecer versatilidad, lo que permite la construcción de bibliotecas de ADN y ARN a partir de una sola muestra (mezcla de ADN y ARN) en tan solo 6 horas. Las bibliotecas de ADN y ARN generadas pueden secuenciarse directamente o someterse a enriquecimiento de dianas mediante captura híbrida, como paneles de exoma y perfiles genómicos completos (CGP), lo que lo hace ideal para una amplia gama de aplicaciones (véase "Flujo de trabajo del kit de bibliotecas multimodales de ADN/ARN QIAseq").

Este kit también se puede utilizar para flujos de trabajo de solo ADN y solo ARN con una amplia gama de entradas de diversos tipos de muestras. El uso opcional de UMI en la biblioteca de ADN lo hace adecuado para la secuenciación del genoma completo (WGS) y la secuenciación del exoma completo (WES), así como para otros enriquecimientos de dianas que requieren una mayor sensibilidad (véase "El kit de biblioteca multimodal de ADN/ARN QIAseq ofrece flexibilidad para numerosas aplicaciones posteriores").

Las bibliotecas de ADN generadas con el kit de biblioteca de ADN/ARN multimodal QIAseq muestran una alta complejidad de biblioteca y una cobertura uniforme.

Similar al kit de biblioteca de ADN QIAseq FX, el kit de biblioteca de ADN/ARN multimodal QIAseq genera bibliotecas de ADN con un sesgo mínimo de cromatografía de gases (GC) mediante enzimas independientes de la secuencia para la fragmentación. La presencia de ARN en la muestra inicial no disminuyó el rendimiento general.

Las bibliotecas de ARN generadas con el kit QIAseq Multimodal DNA/RNA Library mostraron un alto rendimiento para análisis transcriptómicos completos.

El uso del kit QIAseq FastSelect –rRNA HMR es altamente eficiente, con solo trazas de ARN ribosómico (ARNr) remanentes, lo que hace que las bibliotecas de ARN sean adecuadas para WTS y mejoren la especificidad del enriquecimiento de dianas mediante la tecnología de captura híbrida (véase "Rendimiento de la biblioteca WTS generada con el kit QIAseq Multimodal DNA/RNA Library"). Las bibliotecas de ARN generadas con el kit QIAseq Multimodal DNA/RNA Library son adecuadas para la transcriptómica completa, incluyendo el análisis de la expresión génica y la detección de fusiones.

Amplia compatibilidad con varios paneles de captura híbridos, manteniendo un rendimiento confiable

Las bibliotecas de ADN y ARN pueden enriquecerse mediante tecnología de captura híbrida y son compatibles con los paneles humanos QIAseq xHYB, así como con paneles de otros proveedores (véase "Rendimiento WES de las bibliotecas generadas con el kit QIAseq Multimodal DNA/RNA Library"). Permiten detectar grandes reordenamientos genómicos, SNV, InDels y CNV.

Permite la detección de fusiones después del enriquecimiento del objetivo utilizando tecnología de captura híbrida

Las bibliotecas de ARN generadas se pueden utilizar para detectar genes de fusión expresados ​​y eventos de omisión de exones (consulte "Enriquecimiento de objetivos de las bibliotecas WTS con el panel de captura híbrida humana QIAseq xHYB").

Los oligos bloqueadores de QIAseq muestran una mayor especificidad en comparación con otros oligos bloqueadores

Los oligonucleótidos bloqueadores QIAseq pueden utilizarse durante el flujo de trabajo de captura híbrida en bibliotecas que incluyan secuencias adaptadoras TruSeq (oligonucleótidos bloqueadores One-4-All) o secuencias adaptadoras Nextera (oligonucleótidos bloqueadores QIAseq N). La especificidad obtenida es superior a la obtenida con oligonucleótidos bloqueadores de otros proveedores (véase "Los oligonucleótidos bloqueadores QIAseq muestran mayor especificidad en comparación con otros oligonucleótidos bloqueadores").

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Principio

Los estudios multiómicos han sido adoptados cada vez más por la comunidad científica debido a la mayor comprensión que se genera al combinar información de diferentes modalidades. Los métodos existentes para analizar ADN y ARN simultáneamente presentan limitaciones, como la gran cantidad de muestras de entrada necesarias para flujos de trabajo separados de ADN y ARN, los laboriosos procedimientos de preparación de bibliotecas y los largos plazos de entrega, entre otros.

El kit de bibliotecas multimodales de ADN/ARN QIAseq ofrece una versatilidad excepcional. Permite generar bibliotecas de solo ADN o solo ARN, lo que permite a los laboratorios consolidar su flujo de trabajo al reducir las preparaciones de bibliotecas WGS y WTS a un solo kit. Además, es compatible con una amplia gama de muestras de entrada, como tejido (fresco, congelado y FFPE), sangre y ADN libre (cfDNA). Además, para las bibliotecas de ADN, el uso de UMI es opcional (el kit incluye adaptadores UMI y no UMI; esta opción está incluida en el flujo de trabajo). El adaptador UMI permite una mayor sensibilidad, necesaria para aplicaciones específicas.

Para la construcción de bibliotecas de ARN, el kit utiliza UMI para la corrección de errores, incorpora el kit QIAseq FastSelect –rRNA HMR para depletar el ARNr y permitir la compatibilidad con bajo consumo de entrada, e incluye un paso para eliminar el ADN restante antes de iniciar el proceso de transcripción inversa. Este método garantiza resultados fiables y de alta calidad, lo que facilita estudios multiómicos más eficaces.

Procedimiento

- El adaptador que no es UMI no contiene un UMI
- El adaptador UMI incluye una secuencia UMI totalmente aleatoria de 14 bases y, además, está en fase para lograr una diversidad de bases óptima durante la secuenciación.

Descripción general del flujo de trabajo del kit de biblioteca de ADN/ARN multimodal QIAseq

Fragmentación de ácidos nucleicos

En el kit QIAseq Multimodal DNA/RNA Library, las moléculas de ARN se fragmentan por calor, mientras que las de ADN se procesan mediante fragmentación enzimática, reparación de extremos y adición de cola A en una única reacción multienzimática. Este paso también integra la eliminación del ARNr ribosómico mediante el kit QIAseq FastSelect –rRNA HMR.

poliadenilación del ARN

Para las muestras de ARN, se realiza una poliadenilación sintética para crear un sitio de unión esencial para el siguiente paso de transcripción inversa.

Ligadura de ADN

Específicamente en el ADN, los adaptadores se ligan a los fragmentos de ADN. Se ofrecen dos opciones de adaptadores.

Para la captura de híbridos, se recomienda el uso de oligonucleótidos bloqueantes One-4-All (disponibles por separado o incluidos en el kit de reactivos QIAseq xHYB Human) para bloquear eficazmente las secuencias adaptadoras de TruSeq. Estas bibliotecas son compatibles con QIAseq Human Exome, el catálogo QIAseq xHyb Human y paneles personalizados o sondas de terceros.

Transcripción inversa y cambio de plantilla

Específicamente para el ARN, se realizan la transcripción inversa y el intercambio de moldes. En este paso se incorporan UMI (secuencias aleatorias de 10 bases). Si se utiliza la captura híbrida para bibliotecas de ARN que utilizan secuencias adaptadoras Nextera, se recomienda utilizar oligonucleótidos bloqueantes QIAseq N (se venden por separado y no están incluidos en el kit de reactivos humanos QIAseq xHYB) para bloquear eficazmente los adaptadores.

Amplificación/indexación de bibliotecas

Se realizan reacciones de PCR universales separadas en bibliotecas de ADN y ARN para incorporar índices duales únicos (UDI) para cada biblioteca, lo que garantiza una identificación precisa de la muestra y minimiza el riesgo de contaminación cruzada.

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Aplicaciones

- ADN: SNV, InDels, CNV
- ARN: expresión genética diferencial, fusiones, eventos de omisión de exones.

El kit de biblioteca multimodal de ADN/ARN QIAseq se puede utilizar para estudios de secuenciación multiómica a partir de una sola muestra, incluyendo secuenciación por secuenciación continua (WGS/WTS) y enriquecimiento de dianas basado en captura híbrida, como WES o CGP. Las variantes de ADN y ARN incluyen las siguientes: