Qiagen, 850103, GeneGlobe Analiza la secuenciación de ARN (24)

Créditos de análisis suficientes para el análisis, la interpretación y el diseño de estudios de seguimiento de 24 muestras de secuenciación de ARN a través del Portal de Análisis de Secuenciación de ARN de GeneGlobe. Válido por 12 meses.

Características

- Canalizaciones de análisis de ARN-seq listas para usar impulsadas por algoritmos CLC de QIAGEN
- Compatible con los kits de preparación de bibliotecas más utilizados
- Exploración y filtrado sencillos e intuitivos de genes expresados ​​diferencialmente en un panel interactivo fácil de usar
- Soporte de interpretación mediante anotación con las principales vías afectadas, reguladores ascendentes, enfermedades y funciones consultadas desde la base de conocimiento de análisis de vías Ingenuity (IPA) de QIAGEN
- Soporte para la toma de decisiones en experimentos de verificación de biomarcadores con recomendaciones de productos y prácticas herramientas de diseño personalizado en el Centro de diseño y análisis GeneGlobe de QIAGEN

Detalles del producto

Las soluciones GeneGlobe Analyze combinan algoritmos y conocimientos líderes en la industria con una gran facilidad de uso. El portal de análisis de ARN-seq de QIAGEN, basado en la nube, es accesible desde GeneGlobe Analyze y permite el análisis de datos de ARN-seq, desde la alineación de lecturas sin procesar hasta la interpretación de genes con expresión diferencial y la búsqueda de las herramientas adecuadas para la verificación de posibles biomarcadores.

Actuación

- Análisis de microARN: requiere solo 90 minutos desde el archivo fastq hasta la expresión diferencial (según datos del kit de biblioteca de miRNA QIAseq, 96 muestras con ~5 M de lecturas por muestra, lecturas de 75 pb de un solo extremo)
- Análisis del transcriptoma completo: requiere solo 4 horas desde el archivo fastq hasta la expresión diferencial (según datos del kit de biblioteca de ARN trenzado QIAseq, 96 muestras, 60 millones de lecturas por muestra, lecturas de 2 x 75 pb en pares)

El portal de análisis de ARN-seq de QIAGEN reduce el tiempo de análisis de días a solo unas pocas horas:

Principio

- Autonomía completa: tome el control total de su ruta de ARN-seq y el descubrimiento de biomarcadores con un proceso de análisis totalmente integrado
- Ahorre tiempo: acelere su investigación y reduzca el tiempo de análisis de días a solo unas pocas horas
- Concéntrese en los conocimientos: administre fácilmente sus datos, explore y filtre en un panel interactivo basado en la web, decida sobre posibles biomarcadores y encuentre los ensayos adecuados para verificarlos dentro de una única interfaz.
- Ahorre costos relacionados con TI: los canales de análisis basados ​​en la nube le permiten ampliar sus proyectos y acceder a potencia informática para tener resultados listos en unas pocas horas

El portal de análisis de ARN-seq de QIAGEN beneficia su investigación de muchas maneras:

La interfaz de proyectos intuitiva del portal permite cargar datos y configurar nuevos experimentos en tan solo tres sencillos pasos (véase la figura "Resumen de proyectos del Portal de Análisis de ARN-seq de GeneGlobe"). Tras la alineación, se generan los recuentos genéticos y se utilizan los algoritmos de QIAGEN CLC Genomics Workbench para realizar análisis de expresión génica diferencial según los grupos de experimentos definidos por el usuario.

Se evalúa el conjunto de genes con expresión diferencial para determinar su probable impacto en las vías canónicas, enfermedades y funciones, y se predicen los reguladores previos que impulsan la expresión de estos genes (véase la figura Panel de resultados interactivo). El portal muestra los diez genes más importantes de cada tipo de la Base de Conocimiento del Análisis de Vías Ingenuity (IPA) de QIAGEN. Se requiere una licencia completa de QIAGEN IPA para ver y explorar el conjunto completo de interpretaciones biológicas.

El control de calidad y de muestras incluye la configuración y el diseño experimental, la descripción general de las muestras en el experimento y las métricas de control de calidad comúnmente utilizadas, como las estadísticas de recorte y mapeo de lecturas, el análisis de componentes principales y la distribución de biotipos (consulte la figura Control de calidad que incluye la distribución de biotipos de ARN).

El panel de resultados interactúa directamente con el Centro de Diseño y Análisis GeneGlobe de QIAGEN, donde se pueden explorar y filtrar genes con expresión diferencial según el valor p y el cambio de pliegue, y guardarlos en su espacio personal "Mis Proyectos" en My GeneGlobe. También se recomiendan las herramientas adecuadas para los experimentos de verificación de biomarcadores (véase la figura "Productos para la verificación de biomarcadores en GeneGlobe"), y los genes o miRNA de interés guardados se pueden explorar con más detalle en el contexto de vías, funciones y publicaciones (véase la figura "Mapas de vías en GeneGlobe").

Para obtener más información sobre el principio y los antecedentes técnicos, consulte el Manual del usuario del Portal de análisis de ARN-seq.

Aplicaciones

- Soporte para muestras humanas, de ratón y de rata.
- Alineación de lecturas sin procesar generadas por los instrumentos Illumina
- Recuentos de genes y análisis de expresión diferencial de genes/miARN
- Control de calidad de muestra para el experimento de expresión diferencial
- Anotación de genes/miARN expresados ​​diferencialmente con diez vías más impactadas, reguladores ascendentes y enfermedades/funciones descendentes

- Kit de transcriptoma QIAseq UPX 3'
- Kit de biblioteca de miRNA QIAseq
- Kit de biblioteca de ARN trenzado QIAseq
- Kits QIAseq FastSelect –rRNA HMR

Preparación de la biblioteca de ARN total en cadena TruSeq (humano/rata, oro, globina)
Preparación de ARN total en cadena de Illumina con Ribo-Zero Plus

- Kit de preparación de biblioteca de ARN direccional NEBNext UltraTM II para Illumina

- Kit de hiperpreparación de ARN KAPA

- Kit de preparación de muestras de ARN total en cadena SMARTer - HI Mammalian
- Kit de preparación de muestras de ARN total en cadena SMARTer - Mamífero de bajo aporte

- Kit de preparación de biblioteca de ARN hebra Collibri para sistemas Illumina

Para el análisis de datos de ARN-seq, incluidos:

Admite las preparaciones de bibliotecas de secuenciación de ARN más utilizadas para los instrumentos Illumina:

QIAGEN:

Ilumina:

Laboratorios biológicos de Nueva Inglaterra:

Soluciones de secuenciación de Roche:

Biografía de Takara:

Thermo Fisher Scientific: