Qiagen, V16000085, Kit de región de control de ADNmt Verogen ForenSeq

Incluye todos los reactivos primarios necesarios para 48 reacciones para la preparación de bibliotecas completas de regiones de control de ADNmt.

Características

- Sensibilidad óptima con una mínima aportación de ADN
- Detección de variantes mejorada utilizando pequeños amplicones de las bases de datos más recientes
- Excelente resolución para muestras severamente degradadas
- La capacidad de multiplexación aumenta aún más la eficiencia operativa

Detalles del producto

El kit ForenSeq de la región de control del ADNmt ofrece una preparación de bibliotecas práctica y eficiente para analizar la región de control del genoma mitocondrial (mtGenome) con una mínima entrada de ADN y una sensibilidad óptima. Gracias a la probada química de ForenSeq, el kit genera un conjunto de datos conciso de toda la región de control para su carga directa en CODIS. La capacidad de multiplexación aumenta la eficiencia operativa sin aumentar los costes ni el tiempo.

Actuación

Característica: Detalles
Tamaño del objetivo: región de control de ADNmt de 1200 pb
Recomendación de entrada de ADN: 100 pg de ADNg y ADNmt por muestra
Tipos de muestra: ADN extraído de una variedad de muestras degradadas, incluidos huesos, dientes y tallos de cabello.
Capacidad de multiplexación recomendada: 3 a 48 bibliotecas por ejecución
Número de cebadores: >120
Número de amplicones: 18
Tamaño medio del amplicón: 118 pb
Superposición de amplicones: ≥ 3 pb
Tiempo total de preparación en la biblioteca: 7 horas y 45 minutos
Tiempo de práctica: 1 hora y 30 minutos

- Tamaño medio de amplicón corto para una detección máxima de variantes
- Optimizado para la tolerancia a los inhibidores
- Rendimiento flexible y escalable
- Flujo de trabajo integrado para una eficiencia óptima del laboratorio

El kit ForenSeq de región de control de ADNmt combina un potente ensayo con la secuenciación líder en la industria y se integra a la perfección con un software intuitivo para optimizar la eficiencia del laboratorio. El flujo de trabajo de ForenSeq de región de control de ADNmt es totalmente flexible y escalable para todos los requisitos de rendimiento, lo que permite a los laboratorios generar rápidamente resultados completos de región de control de ADNmt para hasta 48 muestras simultáneamente en menos de dos días hábiles. Para requisitos de bajo rendimiento, las 48 reacciones del kit mantienen una vida útil de 12 meses, y para laboratorios con mayor demanda, una rutina similar de preparación de bibliotecas facilita la automatización.

La alta densidad de mutaciones concentradas en la región de control del ADNmt y la naturaleza degradada de la mayoría de las muestras forenses en las que se utiliza el análisis de ADNmt dificultan el diseño óptimo de cebadores. El kit ForenSeq de la región de control del ADNmt está optimizado para generar una cobertura completa y procesable, incluso con cantidades de entrada muy bajas (véase la figura «El sistema ForenSeq de la región de control del ADNmt ofrece una amplia cobertura en una amplia gama de cantidades de entrada de ADN»).

Para mejorar el rendimiento en material altamente degradado, el kit ForenSeq para la Región de Control de ADNmt utiliza más de 120 cebadores, diseñados a partir de datos de variantes y frecuencias de ADNmt recientemente seleccionados, lo que genera 18 amplicones primarios en la región de control de ADNmt. Todos los amplicones primarios tienen una longitud <150 pb, muchos <100 pb, el tamaño promedio de amplicón más bajo de cualquier sistema de análisis de ADNmt comercial actual. Todos los amplicones tienen una superposición mínima de 3 pb para evitar lagunas en la secuencia tras el recorte bioinformático posterior al análisis. Un sistema de tampón optimizado para inhibidores crea un entorno de amplificación robusto (véase la figura «Un sistema de tampón ForenSeq mejorado maximiza el rendimiento»).

Principio

El ensayo basado en PCR utiliza pequeños amplicones provenientes de las bases de datos mitocondriales (ADNmt) más recientes para una mejor detección de variantes. Un enfoque en mosaico superpone los amplicones para evitar lagunas en la secuencia que pueden provocar la pérdida de datos, especialmente en muestras degradadas. Como complemento a este diseño de cebadores en mosaico, un sistema de tampón mejorado ofrece una resistencia excepcional al calcio, al ácido húmico y a otros inhibidores de PCR relevantes.

Procedimiento

Esta solución intuitiva y compatible con la automatización proporciona un flujo de trabajo común para diversos diseños de estudio que abarcan múltiples aplicaciones. El protocolo incluye dos métodos de normalización para adaptar la preparación de la biblioteca a una amplia gama de materiales de entrada, desde ADN genómico (ADNg) de alta calidad hasta muestras complejas y de bajo nivel. Además, un bajo requerimiento de entrada amplía las posibilidades para las muestras más complejas. Para un uso eficiente del kit de reactivos y una asignación precisa de lecturas, los adaptadores de índice incluidos en el kit de preparación de la biblioteca permiten la agrupación y secuenciación de hasta 48 muestras en una sola ejecución.

Aplicaciones

El ADN mitocondrial es una potente fuente alternativa de información cuando el ADN nuclear está comprometido o ausente. Utilizado para cabellos desarraigados, dientes, huesos y otras fuentes complejas, el ADNmt se ha convertido en una herramienta rutinaria para la identificación de personas desaparecidas y víctimas de desastres. Anteriormente, los problemas de calidad y escalabilidad asociados con los métodos tradicionales de secuenciación Sanger habían limitado el uso del ADNmt a unos pocos centros especializados. Los flujos de trabajo de ADNmt de Verogen ofrecen una combinación única de rendimiento, eficiencia y facilidad de uso para que cualquier laboratorio, de cualquier tamaño, pueda migrar el análisis de ADNmt de la secuenciación Sanger a la secuenciación de nueva generación (NGS) o mejorar los resultados obtenidos con otras tecnologías NGS.