Qiagen, V16000120, Kit Verogen ForenSeq Kintelligence

Incluye todos los reactivos necesarios para preparar hasta 12 muestras forenses de baja calidad para genealogía genética forense.

Características

- Flujo de trabajo optimizado para una evaluación eficiente de SNP forenses relevantes
- Los marcadores seleccionados forensemente minimizan las preocupaciones sobre la privacidad de los datos médicos
- Un único multiplex de SNP funciona en todas las poblaciones globales
- Combine los flujos de trabajo de ForenSeq y GEDmatch con soporte específico para la aplicación
- Mantenga el control total de la evidencia y los datos asociados en su laboratorio

Detalles del producto

Identifique 10,230 marcadores SNP seleccionados específicamente para obtener resultados de parentesco extendido con el kit ForenSeq Kintelligence. ForenSeq Kintelligence, el único ensayo basado en secuencias diseñado para la genealogía genética forense (FGG), minimiza las preocupaciones sobre la privacidad al excluir los SNP con información médica y frecuencias alélicas menores presentes en la secuenciación del genoma completo (WGS) o en flujos de trabajo basados ​​en matrices. Los robustos diseños de PCR y cebadores permiten un único multiplex de SNP compatible con poblaciones globales.

Actuación

Característica: Detalles
Tipo de muestra: ADNg de cabello, hueso, dientes, sangre, semen e hisopos bucales.
Recomendación de entrada de ADN: 1 ng por muestra
Configuración del kit: 12 reacciones
Capacidad de multiplexación recomendada: 3 bibliotecas por ejecución
Número de SNP: 10.230
Tamaño medio del amplicón: < 150 pb
Tiempo total de preparación de la biblioteca: 8 horas
Tiempo de preparación práctica en la biblioteca: 1 hora y 55 minutos
Tiempo total de secuenciación: 28 horas

- Secuenciar muestras comprometidas en un sistema validado para facilitar el acceso a los resultados
- El diseño de contenido curado garantiza la privacidad de los datos con un conjunto de SNP seleccionado por su relevancia forense
- Mantenga la evidencia y los datos asociados en su laboratorio y conserve el control total
- Totalmente integrado y compatible para combinar dos flujos de trabajo familiares, ForenSeq y GEDmatch

ForenSeq Kintelligence es una solución integrada para la genealogía genética forense (FGG). Las bibliotecas se preparan, secuencian y analizan en un flujo de trabajo único y optimizado para la evaluación eficiente de SNP con relevancia forense. Desarrollado según métodos existentes basados ​​en STR, con información de métodos comerciales, investigaciones y bases de datos consolidadas, el kit proporciona a los laboratorios una secuenciación específica y un análisis preciso de muestras de ADN forense, incluyendo aquellas con bajo consumo de datos y altamente degradadas. Al aplicar un conjunto de SNPs seleccionado, un bajo consumo de datos y un flujo de trabajo validado forensemente, basándose en una metodología consolidada, ForenSeq Kintelligence ofrece la oportunidad de superar los obstáculos y encontrar soluciones para casos sin resolver, personas desaparecidas y restos humanos no identificados.

Las muestras de casos sin resolver y de personas desaparecidas suelen degradarse debido a su antigüedad, la exposición a elementos ambientales y contaminantes, y los procedimientos variables de extracción y almacenamiento. Por ello, Verogen diseñó el kit ForenSeq Kintelligence para ofrecer altas tasas de recuperación de muestras comprometidas, realizando estudios que analizan muestras degradadas e inhibidas de tipo caso clínico y realizando una evaluación de sensibilidad con muestras de control para que el kit genere llamadas de SNP de forma reproducible en un rango de cantidades de ADN de entrada.

ForenSeq Kintelligence mostró un alto rendimiento en estudios de casos simulados que generaron altas tasas de respuesta a partir de muestras de sangre degradada, muestras dentales inhibidas por calcio y muestras de hueso contemporáneo sometidas a las agresiones de la cremación, la incineración y el embalsamamiento. La evaluación de sensibilidad evaluó el ADN de control con entradas de 5 ng a 50 pg. Las entradas de 5 ng a 250 pg alcanzaron una tasa de respuesta del 100 %. El rendimiento fue similarmente alto con 100 pg y 50, con un 99,9 % y un 99,6 %, respectivamente (véase la figura "Titulación de la sensibilidad del ADN de control en un rango de entradas"). Una alta cobertura promedio de aproximadamente 1500× en los sitios objetivo permite estas altas tasas de respuesta y garantiza respuestas confiables.

Dada la exposición a elementos naturales y la degradación prolongada por el paso del tiempo, las muestras de casos fríos son propensas a fallar los controles de calidad y a presentar una cobertura deficiente. Esto resulta en una baja recuperación de ADN e impacta las tasas de llamada de alelos. Para maximizar la recuperación, los tampones ForenSeq Kintelligence toleran muchos inhibidores comunes, como hematina, ácido húmico, ácido índigo y tánico, y contaminantes microbianos como E. coli. Para muestras de 1 ng de ADNg enriquecidas con 10 ng de ADN microbiano, Verogen observó una tasa de recuperación de SNP del 100 %. Las muestras de control inhibidas con la adición de cantidades significativas de otros inhibidores forenses comunes demostraron una alta tasa de llamada promedio del 99,2 %, comparable con las muestras de control (véase la figura "Una evaluación del rendimiento del inhibidor"). La alta tasa de llamada promedio permite una cobertura profunda de las muestras, independientemente de la baja entrada.

Principio

Categoría: Número de SNP
SNP de ascendencia: 56
SNP de identidad: 94
SNP de parentesco: 9867
SNP de fenotipo*: 22
X-SNP: 106
SNP-Y: 85

Un robusto diseño de reacción en cadena de la polimerasa (PCR) y cebadores permite la multiplexación de un solo SNP, eliminando la necesidad de múltiples pruebas. El pequeño tamaño promedio del amplicón, < 150 pb, mejora la eficiencia de la amplificación y facilita la recuperación y el análisis del ADN degradado. Además, el kit ForenSeq Kintelligence incluye seis adaptadores de doble índice (UDI) únicos que unen secuencias de identificación únicas a cada extremo de la muestra para una óptima recuperación de datos.

ForenSeq Kintelligence consulta 10.230 SNP que han sido cuidadosamente seleccionados para respaldar la secuenciación dirigida para FGG.

Estos SNP se superponen con marcadores relevantes en el Illumina Infinium CytoSNP-850K BeadChip y el Infinium Global Screening Array, y se comparan con la Base de Datos de Agregación Genómica (gnomAD) v3.0 y la base de datos de Polimorfismos de Nucleótido Único (dbSNP) v151 para garantizar un rendimiento sólido en poblaciones globales. Cabe destacar que ForenSeq Kintelligence excluye los SNP con asociaciones médicas conocidas o frecuencias bajas de alelos menores para minimizar las preocupaciones sobre la privacidad y proteger los datos genéticos de salud.

El diseño de ForenSeq Kintelligence se basó en ForenSeq DNA Signature Prep para incluir todos los SNP de ascendencia biogeográfica, identidad y fenotipo validados para la generación de prospectos de investigación. También se incluyen SNP-Y y SNP-X informativos para facilitar la determinación del linaje y el sexo biológico, respectivamente.

Un sistema de tampón optimizado tolera una gama de inhibidores comunes en muestras forenses, como calcio, índigo y ácido húmico, lo que genera una tasa de respuesta superior al 98 %. El diseño del ensayo proporciona un alto nivel de integridad del proceso y calidad de los datos, lo que le permite confiar en el análisis incluso de las muestras forenses más complejas.

Procedimiento

Las entradas de ForenSeq Kintelligence son compatibles con los métodos de extracción de ADN habituales en los laboratorios forenses. La preparación de bibliotecas aprovecha la base química de ForenSeq, fundamental para la gama de productos de preparación de bibliotecas de Verogen. Los reactivos de ForenSeq Kintelligence permiten preparar hasta 12 bibliotecas de doble indexación específicas para humanos en 8 horas, con tan solo 1 hora y 55 minutos de práctica. La secuenciación se completa en 28 horas y el análisis en 1 hora, lo que permite un flujo de trabajo de NGS totalmente integrado que genera resultados, incluyendo un informe de GEDmatch PRO que los usuarios pueden cargar directamente a la base de datos, en menos de 40 horas. Si existe una coincidencia, GEDmatch PRO genera los resultados en menos de 2 días.

Además de proporcionar una preparación rápida de bibliotecas que incluye normalización, la química de ForenSeq ofrece un alto grado de flexibilidad para fuentes de muestra como hisopos bucales, sangre, huesos y dientes, mientras que un volumen de entrada de 25 μl mejora la compatibilidad con muestras degradadas e inhibidas. El kit de 12 reacciones incluye mezclas maestras para amplificación, microesferas de purificación para limpieza y protocolos sencillos con seis puntos de parada seguros.

Aplicaciones

FGG combina métodos de genotipado por microarrays o secuenciación del genoma completo (WGS) para la generación de perfiles de ADN con comparaciones de parientes genéticos en bases de datos genealógicas como GEDmatch, la mayor base de datos de perfiles de ADN presentados voluntariamente para comparaciones forenses. Las comparaciones realizadas en una base de datos permiten a los genealogistas construir un árbol genealógico utilizando registros censales, registros vitales, obituarios y hemerotecas, y luego rastrear el origen del ADN a través del árbol genealógico.

Los métodos basados ​​en microarrays y WGS no pueden abarcar todo el espectro de muestras biológicas asociadas con casos forenses. Estas muestras suelen degradarse o inhibirse debido a la antigüedad del material de origen o la exposición ambiental, lo que resulta en datos de baja calidad que limitan la FGG. Los microarrays y la WGS también producen grandes cantidades de datos de polimorfismos de un solo nucleótido (SNP) médicamente relevantes que no son aplicables a aplicaciones forenses, lo que genera inquietudes sobre la privacidad y el uso de los datos genéticos. El kit ForenSeq Kintelligence es el único ensayo FGG apto para fines forenses. Diseñado para la secuenciación en el sistema de secuenciación MiSeq FGx aprobado por el Sistema Nacional de Índices de ADN (NDIS), el análisis de datos en Universal Analysis Software (UAS), junto con el análisis de parentesco de largo alcance en GEDmatch PRO, ForenSeq Kintelligence y un ensayo Verogen STR, puede ayudarle a pasar del ADN a una identidad confirmada.