Qiagen, V16000189, kit de imágenes Verogen ForenSeq

Incluye los reactivos necesarios para procesar hasta 96 muestras simultáneamente para obtener información de ascendencia fenotípica y biogeográfica para generar perfiles de ADN completos.

Características

- Evaluación de SNP fenotípicos con o sin ascendencia biogeográfica
- Flujo de trabajo adaptado para integrarse en laboratorios forenses operativos
- Interoperable y escalable con informes preconfigurados para cargar en herramientas de terceros

Detalles del producto

El kit Verogen ForenSeq Imagen es un kit de preparación de bibliotecas que ofrece dos mezclas de cebadores diferentes que permiten evaluar SNP fenotípicos con o sin ascendencia biogeográfica. El flujo de trabajo de ForenSeq Imagen es un flujo de trabajo de ADN a datos totalmente validado, diseñado específicamente para aplicaciones de genómica forense. El kit se basa en conjuntos de marcadores SNP establecidos y revisados ​​por pares, identificados y probados por la comunidad forense.

El kit Verogen ForenSeq Imagen es una solución optimizada para laboratorios forenses operativos que estén considerando implementar un flujo de trabajo de generación de clientes potenciales basado en NGS.

Actuación

Característica: Detalles
Tipo de muestra: ADNg extraído de una variedad de tipos de muestras forenses comunes: lisado de hisopo bucal, huesos, sangre, dientes y tarjeta FTA
Ingesta recomendada para gDNA: 32 pg–1 ng por muestra
Entrada recomendada para perforación de tarjetas FTA: 1,2 mm por muestra
Capacidad de multiplexación recomendada: 8–96 bibliotecas por ejecución
Número de mezclas de imprimadores: 2: DPME y DPMF (Geo)
Contenido de la mezcla de cebadores: DPME: 22 SNP de cabello, 6 SNP de color de ojos, 36 SNP de color de piel y 14 SNP de Y (un total de 55 SNP). DPMF (Geo): 22 SNP de cabello, 6 SNP de color de ojos, 36 SNP de color de piel, 56 SNP de BGA y 14 SNP de Y (un total de 111 SNP).
Detección de amplicones cortos: Alta concentración de marcadores <150 pb
Tiempo total de preparación en la biblioteca: 7 horas y 15 minutos
Tiempo de práctica: 1 hora y 30 minutos
Tiempo total de secuenciación: ~18 horas con el kit de reactivos Verogen MiSeq FGx Micro

- Una mezcla de cebadores concentrada para aumentar el volumen de entrada de muestra
- Preparación simultánea de hasta 96 bibliotecas en una placa; cada biblioteca es una colección de fragmentos de ADN amplificados de una muestra
- Ensayo diseñado para maximizar los perfiles de ADN con muestras degradadas y de bajo aporte mediante la generación de amplicones cortos con índices duales únicos (UDI)
- Sistema de amortiguación para soportar muestras forenses inhibidas
- Dos mezclas de cebadores para generar información basada en la regulación regional existente y emergente DPME: amplifica los objetivos de SNP para la predicción del color de la piel, el cabello y los ojos, también conocidos como características visibles externas (EVC) DPMF (Geo): amplifica los objetivos de SNP para la predicción de EVC en DPME y marcadores de ascendencia biogeográfica (BGA)
- DPME – Amplifica los objetivos de SNP para la predicción del color de la piel, el cabello y los ojos, también conocidos como características visibles externas (EVC)
- DPMF (Geo): amplifica los objetivos de SNP para la predicción de EVC en DPME y marcadores de ascendencia biogeográfica (BGA).

- DPME – Amplifica los objetivos de SNP para la predicción del color de la piel, el cabello y los ojos, también conocidos como características visibles externas (EVC)
- DPMF (Geo): amplifica los objetivos de SNP para la predicción de EVC en DPME y marcadores de ascendencia biogeográfica (BGA).

El kit ForenSeq Imagen ofrece las siguientes características:

Ambos conjuntos de cebadores contienen 41 SNP para las estimaciones fenotípicas, incluyendo 22 SNP para la estimación del color del cabello, 6 SNP para la estimación del color de los ojos y 36 marcadores para la estimación del color de la piel, con algunos SNP comunes a más de un fenotipo. Ambos conjuntos de cebadores contienen 14 Y-SNP para permitir una estimación robusta del sexo biológico. Además, uno de los conjuntos de cebadores incluye 56 SNP para la estimación de la ascendencia biogeográfica. Los laboratorios tienen la flexibilidad de utilizar cualquiera de los dos conjuntos de cebadores según los enfoques regulatorios asociados a su geografía.

Principio

Categoría SNP: Número de marcadores
Mezcla E: Mezcla F
Y-SNP*: 14
SNP fenotípicos: 41
Color de pelo: 22
Color de ojos: 6
Color de piel: 36
SNP de ascendencia biogeográfica**: 56

El kit Verogen ForenSeq Imagen genera bibliotecas de doble indexación para secuenciación. Cada muestra se combina con una mezcla de cebadores que contiene un par de oligonucleótidos marcados para cada secuencia diana. Los ciclos de PCR vinculan las etiquetas a copias de cada diana, formando plantillas de ADN compuestas por las regiones de interés flanqueadas por secuencias universales de unión a cebadores. Las etiquetas se utilizan para unir adaptadores de índice y la biblioteca resultante se amplifica, purifica y agrupa para secuenciación.

La tabla proporciona un resumen de la cantidad de marcadores asociados con ambos conjuntos de cebadores en el kit Verogen ForenSeq Imagen.

* 4 SNP se superponen en los fenotipos de color de ojos, piel y cabello; 13 SNP se superponen en los fenotipos de color de cabello y piel; y 2 ​​SNP se superponen en los fenotipos de color de ojos y piel. ** Solo disponible en el panel SNP EVC+BGA (DPMF-Geo).

Procedimiento

El flujo de trabajo de ForenSeq Imagen, que incluye el kit ForenSeq Imagen, el sistema de secuenciación MiSeq FGx con el kit MiSeq FGx Reagent Micro y los métodos de análisis de ForenSeq Imagen en el software de análisis universal (UAS), es un flujo de trabajo de ADN a datos totalmente validado, diseñado específicamente para aplicaciones de genómica forense (consulte la figura Flujo de trabajo del kit Verogen ForenSeq Imagen).

Prepare el ensayo ForenSeq Imagen con DPME para características visibles externas (EVC) y SNP de apariencia o DPMF (Geo) para EVC y SNP de ascendencia biogeográfica (BGA).

Secuencia con el sistema de secuenciación MiSeq FGx utilizando el kit de reactivos MiSeq FGx Micro.

Analice con módulos de análisis dedicados preconfigurados para los métodos de análisis Imagen e Imagen Geo.

Descargue por lotes múltiples tipos de informes de Imagen e Imagen Geo. Los informes de análisis de fenotipos son compatibles con la aplicación web HIrisPlex-S.

Cargue el informe de fenotipo a la aplicación web HIrisPlex-S para realizar estimaciones.

Genere sus informes. Los datos se reformatean de forma accesible con la herramienta de macros I-HAT alojada en el servidor de análisis de datos de Verogen.

Aplicaciones

El fenotipado forense de ADN (FDP) permite predecir características visibles externas a partir de rastros de ADN en la escena del crimen. El análisis de FDP puede ayudar a enfocar las investigaciones policiales con información sobre un autor desconocido cuando el perfil de ADN estándar no permite identificarlo.

El sencillo ensayo en placa del kit Verogen ForenSeq Imagen forma parte de un flujo de trabajo FDP integrado que secuencia bibliotecas en el sistema de secuenciación MiSeq FGx y analiza los datos en el software de análisis universal (UAS). La integración fluida de informes con software de terceros, como HIrisPlex-S, permite a los usuarios acceder a información mejorada sobre la generación de prospectos.