Qiagen, V16000190, Kit ForenSeq Kintelligence HT

El kit incluye todos los reactivos necesarios para preparar bibliotecas a partir de muestras de personas y restos no identificados.

Características

- Se centra en 10.230 marcadores SNP seleccionados explícitamente para la identificación de personas y restos no identificados.
- Supera los desafíos con muestras óseas con un tampón de PCR optimizado
- La placa de índice dual (UDI) única facilita la transferencia manual o automatizada simple de los adaptadores de índice
- Hasta 12 muestras post mortem y 36 ante mortem secuenciadas simultáneamente para llegar a familiares de tercer grado

Detalles del producto

ForenSeq Kintelligence HT es el primer flujo de trabajo de secuenciación dirigida diseñado para personas y restos no identificados o para proyectos de parentesco a gran escala. Con 10.230 marcadores SNP seleccionados específicamente para la determinación de parentesco, el ensayo está optimizado para trabajar con muestras complejas como los huesos. Gracias a la exclusiva placa de doble índice (UDI), el flujo de trabajo de preparación de bibliotecas permite procesar hasta 96 muestras post mortem (PM) o ante mortem (AM) antes de proceder a la secuenciación.

El flujo de trabajo de ForenSeq Kintelligence HT permite un mayor nivel de multiplexación que equilibra el rendimiento con las determinaciones de parentesco más cercanas que suelen requerirse para personas y restos no identificados. Detecte al menos parentesco de tercer grado con una sensibilidad y especificidad del 100 % al secuenciar hasta 12 muestras post mortem o 36 muestras ante mortem por cada ciclo de MiSeq FGx. Analice los datos en el Software de Análisis Universal (UAS) utilizando el método de análisis preconfigurado de ForenSeq Kintelligence HT. Utilice la nueva base de datos UAS, exclusiva para Kintelligence HT, con almacenamiento local, comparación de parentesco entre muestras post mortem y ante mortem, y razones de verosimilitud para la comparación de parentescos.

Actuación

Característica: Detalles
Configuración del kit: 96 reacciones
Número de SNP: 10.230
Tamaño medio del amplicón: < 150 pb
Tiempo total de preparación de la biblioteca: 10 horas
Tiempo de preparación práctica en la biblioteca: <3 horas
Tiempo de secuenciación: 28 horas
Tipo de muestra analizada: sangre, hueso, hisopos bucales, cabello enraizado, dientes y semen.
Muestras antemortem: muestras postmortem
Entrada recomendada: 1 ng
Capacidad de multiplexación: 36 bibliotecas por ejecución

- Poder de parentesco más allá de los STR Determine de manera confiable las relaciones hasta el tercer grado, incluso con muestras degradadas.
- Solución sensible para muestras de baja calidad y con pocos insumos. Secuencia muestras comprometidas en un sistema validado forense para obtener resultados de fácil acceso.
- Una base de datos local para el análisis de parentesco Combine dos flujos de trabajo familiares, los algoritmos ForenSeq y GEDmatch PRO para las pruebas de parentesco

El kit ForenSeq Kintelligence HT es el primer ensayo forense que combina la secuenciación de SNP dirigida de alto rendimiento con una base de datos local de análisis de parentesco para la identificación a gran escala de restos humanos. El flujo de trabajo totalmente integrado incluye química optimizada para muestras altamente degradadas y contaminadas, multiplexación de alto nivel que equilibra el rendimiento con determinaciones de parentesco más cercanas, y un software de análisis específico y una base de datos de parentesco que puede utilizarse en una base de datos local para proteger la privacidad de las familias afectadas.

ForenSeq Kintelliegnce HT ha optimizado flujos de trabajo tanto para muestras post mortem (PM) como ante mortem (AM) con capacidades de secuenciación de hasta 12 bibliotecas PM y 36 bibliotecas AM obteniendo al menos una relación de tercer grado.

Flujo de trabajo de alto rendimiento y adecuado para su propósito:

Principio

Categoría: Número de SNP
SNP de ascendencia: 56
SNP de identidad: 94
SNP de parentesco: 9867
SNP de fenotipo*: 22
X-SNP: 106
SNP-Y: 85

Un diseño robusto de PCR y cebadores permite un multiplexado de un solo SNP, maximizando la capacidad de parentesco. El pequeño tamaño promedio del amplicón, <150 pb, mejora la eficiencia de la amplificación y facilita la recuperación y el análisis del ADN degradado. Además, el kit ForenSeq Kintelligence HT incluye 96 adaptadores de índice dual único (UDI), que unen secuencias de identificación únicas a cada extremo de la biblioteca para una recuperación óptima de los datos.

ForenSeq Kintelligence HT consulta 10.230 SNP cuidadosamente seleccionados para maximizar el poder de parentesco.

*Dos SNP se superponen a las categorías de ascendencia y fenotipo y se cuentan solo en la categoría de fenotipo.

El kit ForenSeq Kintelligence HT utiliza los mismos SNP del kit ForenSeq Kintelligence original, incluyendo los 9867 SNP de parentesco, así como todos los SNP de ascendencia biogeográfica, identidad y fenotipo validados para la generación de pistas de investigación. También incluye SNP-Y y SNP-X informativos para facilitar la determinación del linaje y el sexo biológico, respectivamente.

Estos SNP se superponen con marcadores relevantes en el Illumina Infinium CytoSNP-850K BeadChip y el Infinium Global Screening Array, y se comparan con la Base de Datos de Agregación Genómica (gnomAD) v3.0 y la Base de Datos de Polimorfismos de Nucleótido Único (dbSNP) v151 para garantizar un rendimiento sólido en poblaciones globales. Cabe destacar que ForenSeq Kintelligence HT excluye los SNP con asociaciones médicas conocidas o frecuencias bajas de alelos menores para minimizar las preocupaciones sobre la privacidad y proteger los datos genéticos de salud.

Un sistema de tampón optimizado tolera una gama de inhibidores comunes en muestras forenses, como calcio, índigo y ácido húmico, lo que genera una tasa de respuesta superior al 98 %. El diseño del ensayo proporciona un alto nivel de integridad del proceso y calidad de los datos, lo que le permite confiar en el análisis incluso de las muestras forenses más complejas.

Procedimiento

Las entradas de ForenSeq Kintelligence HT son compatibles con los métodos de extracción de ADN habituales en los laboratorios forenses. La preparación de bibliotecas aprovecha la misma base química fundamental del portafolio de preparación de bibliotecas de ForenSeq. Los reactivos de ForenSeq Kintelligence HT permiten preparar hasta 96 bibliotecas de doble indexación específicas para humanos en 10 horas, con menos de 3 horas de práctica. Se recomienda agrupar las bibliotecas para la secuenciación con muestras de 12 p. m. o 36 a. m.

La secuenciación se completa en 28 horas y el análisis en 1 hora, incluyendo la carga a la base de datos local de UAS para el análisis de parentesco y probabilidad. El flujo de trabajo de NGS totalmente integrado proporciona resultados. Además de facilitar la preparación de bibliotecas, que incluye la normalización, la química de ForenSeq ofrece un alto grado de flexibilidad para fuentes de muestra como hisopos bucales, sangre, huesos y dientes. El kit de 96 reacciones incluye mezclas maestras para la amplificación, microesferas de purificación para la limpieza y se suministra con protocolos sencillos, con seis puntos de parada seguros.

Aplicaciones

El kit ForenSeq Kintelligence HT es el primer ensayo forense que combina la secuenciación de SNP dirigida de alto rendimiento y el análisis de parentesco local para la identificación de restos humanos en desastres masivos o proyectos de parentesco a gran escala. El flujo de trabajo totalmente integrado incluye química optimizada para muestras altamente degradadas y contaminadas, y un software de análisis específico con una base de datos de parentesco local. Las recomendaciones de multiplexación de bibliotecas equilibran el rendimiento con el grado de parentesco requerido.