Thermo Fisher, 4483702, Software Ridom™ SeqSphere+ para sistemas Ion Torrent™ (comercial)

El software comercial SeqSphere+ de Ridom, con una duración de 5 años y 5 plazas, permite el procesamiento y análisis automáticos de datos de secuencias microbianas obtenidos con sistemas Ion Torrent™. Permite la tipificación microbiana del genoma completo (MLST+) o proyectos de secuenciación MLST tradicionales. Este software está diseñado tanto para laboratorios individuales como para grupos de trabajo distribuidos (modelo cliente/servidor) para facilitar el intercambio de datos. Hay opciones de licencia disponibles para 1, 3 o 5 años; 2 o 5 plazas; y para laboratorios comerciales o académicos/gubernamentales. Características del software SeqSphere+ de Ridom:
• Fácil de usar: no se necesitan conocimientos de programación ni bioinformáticos.
•Flujo de trabajo altamente automatizado: descargue una plantilla de tarea prediseñada o cree una plantilla personalizada y luego aplíquela al análisis de cientos de cepas con casi ninguna intervención del usuario.
•Servicio de nomenclatura único y en expansión: servicio de nomenclatura único en todo el mundo que permite una 'tipificación molecular del esperanto'
•Editor de resecuenciación de ADN: edite y analice conjuntos de datos de Ion Torrent™ mapeados por referencia (por ejemplo, MLST, MLST+) con corrección automática de errores de inserción/eliminación relacionados con homopolímeros.
•Datos de Sanger: ensamblar, editar y analizar datos de secuenciación de CE de Sanger (por ejemplo, MLST).
Herramientas analíticas: Seleccione entradas de datos de una tabla de comparación para análisis epidemiológico, evolutivo o funcional. Agrupe y visualice las entradas de datos mediante árboles de expansión mínima o UPGMA/unión de vecinos.
Base de datos: Almacene, busque, recupere, exporte y genere informes a partir de sus datos epidemiológicos y de secuencias de ADN almacenados en una base de datos integrada. Busque nuevas entradas de secuencias en los datos almacenados. Los campos de datos cumplen con los requisitos de metadatos de NCBI BioSample. Permite comprobar la verosimilitud de la entrada de datos.
•Tipificación bacteriana: la tipificación de bacterias se realiza automáticamente con parámetros de calidad definidos por el usuario (por ejemplo, cobertura, codones de parada) utilizando bibliotecas de consultas públicas o autodefinidas y plantillas de tareas.
•Comunidad Ridom: Comparta plantillas de tareas de forma rápida y sencilla con otras instituciones o descárguelas en línea desde la Tienda de Plantillas de Tareas. --Opción de contribuir a una base de datos única, global, en expansión y pública de nomenclatura y datos epidemiológicos. Las instituciones más grandes (supranacionales) pueden obtener su propio servidor de datos epidemiológicos si lo solicitan.
Seguridad: Cifrado (SSL) de datos en transmisión. Diversos roles de usuario, grupos de usuarios y controles de acceso configurables. Funcionalidad de registro de auditoría (quién, cuándo y qué). Especificaciones del equipo (mínimas). Sistema operativo del equipo cliente: Windows™ 7 de 64 bits, CPU: Core i5, RAM: 8 GB, disco duro: 500 GB. Se requiere conexión a Internet para usar el servidor de nomenclatura Ridom MLST+ público y el almacén de plantillas de tareas (permite trabajar con una nomenclatura privada y local, y generar tareas personalizadas). Sistema operativo del equipo servidor: Windows™ 7/Linux de 64 bits (se recomienda Ubuntu LTS). CPU: Core i5, RAM: 8 GB (se recomiendan 48 GB si el ensamblaje de novo de MIRA se realiza en este servidor). Disco duro: 2 TB (se recomienda RAID nivel 1 o 5). Se recomienda no usar el equipo de NGS como servidor. Para usar con (equipo): Análisis de datos de secuenciación.
Para usar con (aplicación): secuenciación
Licencia: Comercial, 5 años, 5 plazas
Sistema operativo: Sistema Ion Personal Genome Machine (PGM™)
Línea de productos: Ridom™ SeqSphere+
Tipo de producto: Software SeqSphere+
Cantidad: 5 años-5 usuarios
Tamaño de la unidad: cada una