Thermo Fisher, 551218, Axiom™ Multispecies Tambaqui and Pacu Genotyping Array (Axiom SerraSNP), formato 384HT

Matriz de Genotipado Multiespecie Axiom™ para Tambaqui y Pacú (Axiom SerraSNP), formato 384HT. La Matriz de Genotipado Multiespecie Axiom para Tambaqui y Pacú (Axiom SerraSNP) es un componente de nuestra Solución de Genotipado Axiom, que prepara y procesa el ADN genómico diana en el instrumento multicanal GeneTitan. El proceso automatizado incluye la hibridación del ADN genómico con esta micromatriz de alto rendimiento, seguida de tinción, lavado, obtención de imágenes y la generación de los datos de genotipado de SNP para su posterior análisis.
El Axiom Multispecies Tambaqui y Pacú Genotipado fue diseñado en colaboración con el Dr. Diogo Teruo Hashimoto de la Universidad Estatal de São Paulo (UNESP, CAUNESP, Jaboticabal - Brasil) y el Dr. José Manuel Yáñez de la Universidad de Chile. El array contiene 29.575 SNP de tambaqui (Colossoma macropomum) y 29.612 SNP de pacú (Piaractus mesopotamicus). Además, se validaron 3.000 SNP polimórficos para una especie de serrasálmido estrechamente relacionada, pirapitinga (Piaractus brachypomus), mediante la tasa de conversión utilizando los marcadores SNP de tambaqui y pacú como un recurso valioso para su aplicación en programas de cría selectiva y estudios de conservación y población. Este array también está disponible en formato mini-96 (Cat. N.° 551219).
Contenido de Tambaqui
• Contiene 29.575 SNP
• Muestras para descubrimiento de SNP obtenidas de reproductores de criaderos comerciales de América del Sur (Brasil, Colombia y Perú) y núcleos de crianza del Centro de Acuicultura (Caunesp) de la Universidade Estadual Paulista (Unesp), Brasil
• 81.848 SNP originados por técnicas ddRADseq, GBS1 y RNAseq2,3 identificados inicialmente
• La predicción in silico para seleccionar las mejores sondas según los criterios de la matriz Axiom dio como resultado 42.851 marcadores recomendados
• SNP polimórficos con resolución Polyhigh y sin polimorfismos adyacentes seleccionados para el conjunto final
• Matriz verificada mediante genotipificación de muestras de Brasil, Colombia y Perú
• El valor promedio de MAF fue 0.
247 que presentan SNP con alta frecuencia de alelos y contenido de Pacu
• Contiene 29.612 SNP
• Pacu utilizado para el descubrimiento de SNP obtenidos de familias de hermanos completos del núcleo de crianza del Centro de Acuicultura (Caunesp) de la Universidade Estadual Paulista (Unesp), Brasil
• 130.403 SNP originados por técnicas RADseq4, ddRADseq y RNAseq5 identificados inicialmente
• La predicción in silico para seleccionar las mejores sondas según los criterios de la matriz Axiom dio como resultado 99.682 marcadores recomendados
• SNP polimórficos con resolución Polyhigh y sin polimorfismos adyacentes seleccionados para el conjunto final
• Matriz verificada mediante genotipificación de muestras de reproductores de diferentes criaderos comerciales de Brasil
• El valor promedio de MAF fue 0.
203 que presentan SNP con alta frecuencia de alelosAplicaciones
• Estudios de asociación de todo el genoma
• Mejoramiento molecular (mapeo de asociaciones y selección genómica)
Genética de poblaciones (para distinguir el origen de los peces). Productos necesarios: Software GeneChip Command Console, instrumento multicanal GeneTitan, software Axiom Analysis Suite, herramienta de exportación de formato largo Axiom (AxLE). Referencias: 1. Nunes, JRS, Liu, S., Pértille, F., Perazza, CA, Villela, PMS, Almeida-Val, VMF, Hilsdorf, AWS, Liu, Z. y Coutinho, LL. Descubrimiento de SNP a gran escala y construcción de un mapa genético de alta densidad de Colossoma macropomum mediante genotipado por secuenciación. Sci. Rep. 7, 46112 (2017).
2. Ariede, R.
B., Freitas, M.
V., Hata, M.
E., Mastrochirico-Filho, V.
A., Pilarski, F., Batlouni, SR, Porto-Foresti, F. y Hashimoto, DT. Microsatélites asociados con el crecimiento y análisis de la resistencia a Aeromonas hydrophila en tambaqui Colossoma macropomum. Front. Genet. 9, 3 (2018).
3. Gomes, F., Watanabe, L., Vianez, J., Nunes, M., Cardoso, J., Lima, C., Schneider, H. y Sampaio, I. Análisis comparativo del transcriptoma de la especie amazónica Colossoma macropomum (tambaqui) y el híbrido tambacu mediante secuenciación de nueva generación. PloS One 14, e0212755 (2019).
4. Mastrochirico-Filho, VA, Borges, CHS, Freitas, MV, Ariede, RB, Pilarski, F., Utsunomia, R., Carvalheiro, R., Gutierrez, AP, Peñaloza, C., Yáñez, JM, Houston, RD y Hashimoto, DT. Desarrollo de un mapa de ligamiento de SNP y un estudio de asociación de todo el genoma para la resistencia a Aeromonas hydrophila en pacu (Piaractus mesopotamicus). BMC Genomics 21, 672 (2020).
5. Mastrochirico-Filho, VA, Hata, ME, Kuradomi, RY, Freitas, MV, Ariede, RB, Pinheiro, DG, Robledo, D., Houston, R. y Hashimoto, DT. Perfil transcriptómico de pacu (Piaractus mesopotamicus) expuesto a Aeromonas hydrophila patógena: inferencia sobre la respuesta génica inmunitaria. Front. Genet. 11, 604 (2020).
Cantidad: 1 matriz
Condición de envío: Temperatura ambiente
Tipo: Matriz de genotipado
Número de matrices: 384 matrices
Especie: Multiespecie: Pacu y Tambaqui
Tamaño de la unidad: 1 matriz