Thermo Fisher, A35864, Ensayo de investigación de ácido nucleico total libre de células pulmonares Oncomine

Ensayo de investigación de ácido nucleico total libre de células pulmonares Oncomine. El ensayo de investigación de cfTNA pulmonar Oncomine forma parte de una solución completa para detectar ADN y ARN libre de células (ácido nucleico total libre de células; cfTNA) derivado de tumores pulmonares, aislado de la fracción plasmática de sangre completa. Proporciona los reactivos para la construcción de bibliotecas y un único pool de cebadores de PCR multiplex para la preparación de bibliotecas de amplicones a partir de cfTNA obtenido de la fracción plasmática de un único tubo de 10 mL de sangre completa. Las biopsias líquidas ofrecen varias ventajas sobre las biopsias convencionales de tumores sólidos:
• Menos invasivas, lo que permite tomarlas en múltiples momentos para monitorear la progresión del cáncer.
• Menor costo
• Tiempo de respuesta más rápido desde la muestra hasta los resultados.
• Representar mejor la heterogeneidad tumoral. El ensayo de investigación Oncomine Lung cfTNA permite el análisis de:
• Genes de puntos calientes (SNV) e indeles cortos: ALK, BRAF, EGFR, ERBB2, KRAS, MAP2K1, MET, NRAS, PIK3CA, ROS1 y TP53 (aproximadamente 168 puntos calientes cubiertos)
• Fusiones genéticas: ALK, RET, ROS1
• Omisión del exón 14 del MET
• Gen de número de copias (CNV): MET. Estos genes se han identificado como frecuentemente mutados en el cáncer de pulmón de células no pequeñas (CPNM). Mediante el uso de la tecnología de secuenciación de etiquetas, se pueden lograr límites de detección (LOD) bajos para diferentes tipos de variantes*:
• Para SNV/indels cortos, se puede lograr un LOD de 0,1 % con una sensibilidad de ∼90 % y una especificidad de >99 %
• Para fusiones y omisión de exones MET, se puede lograr un LOD del 1% con una sensibilidad de >90% y una especificidad de >99%.
Para el objetivo MET CNV, se puede lograr una detección de tan solo 1,2 veces la amplificación con una sensibilidad >90% y una especificidad >99%. Todo el flujo de trabajo, desde el aislamiento de cfTNA mediante el kit de aislamiento de ácidos nucleicos totales sin células MagMAX hasta el análisis de las muestras, se puede completar en tan solo dos días utilizando el sistema de secuenciación Ion S5 XL. Tecnología: cfDNA y cfRNA se encuentran en concentraciones extremadamente bajas en la fracción plasmática de la sangre completa. Debido a esta baja prevalencia, en este ensayo se utiliza una tecnología de secuenciación de etiquetas. La tecnología adhiere etiquetas moleculares únicas a los cebadores específicos del gen (figura a continuación). Después de la amplificación, las moléculas etiquetadas se agrupan según las etiquetas. Los grupos que contienen la misma variante mutante el 80% del tiempo o más se considerarán positivos. Utilizando la tecnología Tag, se eliminan los grupos que contienen errores aleatorios generados a través del proceso de construcción/secuenciación de la biblioteca. A diferencia de otras tecnologías con límites de detección (LD) del 1 al 5 %, el ensayo de investigación de cfTNA pulmonar Oncomine ofrece un límite de detección flexible de hasta el 0,1 % para SNV o una copia mutante en un fondo de 1000 copias de tipo salvaje. Para alcanzar un LD del 0,1 %, se requieren 20 ng de cfDNA de entrada. Se pueden utilizar cantidades menores de cfTNA, pero el %LD será mayor según la cantidad de entrada. Ventajas:
• El diseño de amplicón optimizado para cfDNA corto garantiza la mayor tasa de captura posible
• La tecnología de secuenciación de etiquetas minimiza los falsos positivos al eliminar errores incorporados aleatoriamente
• El diseño optimizado del ensayo dirigido permite una secuenciación de próxima generación (NGS) altamente multiplexada, lo que reduce los costos de secuenciación por muestra.
Flujo de trabajo eficiente de 2 días. El análisis de SNV e indeles cortos se puede lograr con el software Torrent Suite 5.2 o superior. Para analizar SNV, indeles cortos, fusiones y CNV, se requiere Ion Reporter 5.6 (en la nube o en servidor). Simplicidad, velocidad y escalabilidad de la tecnología TagSequencing. El ensayo Oncomine Lung cfTNA Research Assay permite estudios genéticos del cáncer con tan solo 5 ng de cfTNA de entrada para la construcción de bibliotecas específicas. El ensayo Oncomine Lung cfTNA Research Assay es compatible con muestras FFPE para posibles estudios de concordancia. El tiempo total para obtener bibliotecas específicas es de tan solo cuatro horas. La escalabilidad y la flexibilidad se logran utilizando el conjunto de códigos de barras Tag Sequencing 1-24 o 25-48 (n.º de cat. A31830, A31847) para multiplexar muestras con códigos de barras en chips Ion S5. *La sensibilidad y especificidad de cada tipo de variante se determinaron utilizando muestras positivas artificiales y cfTNA aislado de donantes sanos. Para uso con (aplicación): Secuenciación.
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Línea de productos: Oncomine™
Tipo de producto: Ensayo de investigación de ácido nucleico total libre de células pulmonares Oncomine
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