Kit Thermo Fisher, AM1901, MICROBEnrich™

Kit MICROBEnrich™ para la separación y el aislamiento de ARN bacteriano a partir de muestras mixtas. El kit Ambion™ incluye reactivos suficientes para depletar 500 μg de ARN de la célula huésped (20 reacciones x 25 μg de ARN) de una mezcla compleja de ARN huésped-bacteria. El análisis de la expresión génica tras las interacciones huésped-bacteria está revolucionando nuestra comprensión de la respuesta del huésped a la infección bacteriana. Numerosos estudios han utilizado el análisis de microarrays para seguir las alteraciones del transcriptoma de la célula huésped en respuesta a las interacciones con bacterias. Sin embargo, debido a que no existía ningún método para aislar el ARN bacteriano del ARN de la célula huésped, los análisis correspondientes de los transcriptomas bacterianos han sido imposibles. El kit MICROBEnrich™ permite el análisis de la expresión de ARN bacteriano mediante microarrays del genoma completo tras las interacciones huésped-bacteria.
Comience con cualquier muestra de ARN totalPara el análisis de microarrays y otras aplicaciones sensibles, se recomienda un tratamiento con DNasa para eliminar el ADN genómico contaminante del ARN total antes del procedimiento MICROBEnrich™Kit.
Eliminación de más del 90 % del ARN de mamíferos de mezclas complejas de ARN total. El kit MICROBEnrich™ utiliza tecnología de captura por hibridación (patente en trámite) para eliminar ARN humano, de ratón y de rata (ARNm y ARNr) de poblaciones complejas de ARN hospedador-bacteria, dejando ARN total microbiano enriquecido. En el primer paso del procedimiento, el ARN total hospedador-bacteria se incuba con una mezcla de oligonucleótidos de captura que se unen a los ARNr 18S y 28S de mamíferos y a los ARN poliadenilados. A continuación, los híbridos de ARNr/oligonucleótidos y todos los ARNm poliadenilados se eliminan de la mezcla con microesferas magnéticas derivatizadas con oligonucleótidos. Tras la separación magnética, el ARN bacteriano restante en el sobrenadante puede precipitarse con etanol. Un electroferograma del bioanalizador Agilent 2100 (véase la figura) muestra una eliminación casi completa (>95 %) de los ARNm 18S y 28S del huésped en una muestra mixta. Los ARNm bacterianos purificados con el kit MICROBEnrich™ son mejores plantillas que el ARN total para aplicaciones posteriores y, por lo tanto, ofrecen un aumento considerable de la sensibilidad cuando se utilizan en aplicaciones como el análisis de matrices (véase la figura).
El kit MICROBEnrich™ funciona con cualquier especie bacteriana. El kit MICROBEnrich™ se optimizó utilizando ARN de E. coli en un sustrato de ARN humano, murino y de rata. Sin embargo, el kit debería funcionar correctamente con ARN de cualquier especie bacteriana. Si bien muchas especies de mamíferos hospedadores pueden ser compatibles con el kit MICROBEnrich™, para el diseño y la optimización de los oligonucleótidos de captura solo se utilizaron secuencias de ARNr humano, murino y de rata.
Accesorios: Se requiere un soporte magnético para usar este kit. Están disponibles en varios formatos, incluyendo el soporte magnético de una sola pieza (SKU #AM10026), el soporte magnético para 6 tubos (SKU #AM10055) y los soportes magnéticos de 96 pocillos (SKU #AM10027 y #AM10050). El kit RiboPure™-Bacteria (SKU #AM1925) es ideal para la purificación del ARN total de células bacterianas hospedadoras. Los reactivos de tratamiento y eliminación de ADNasa TURBO™ DNA-free™ o DNA-free™ (SKU #AM1907 y AM1906, respectivamente) se recomiendan para el análisis de microarrays y otras aplicaciones que requieren la eliminación de ADN genómico contaminante.
Tras el procedimiento MICROBEnrich™, el ARNm bacteriano se puede purificar a partir del ARN total utilizando el kit de enriquecimiento de ARNm bacteriano MICROBExpress™ (SKU #AM1905). Esta tecnología permite la eliminación de más del 95 % de los ARNr procariotas 16S y 23S.
Tipo de producto final: ARN total (bacteriano)
Para usar con (aplicación): Análisis de microarrays
Compatibilidad de alto rendimiento: No compatible con alto rendimiento (manual)
Número de reacciones: 20 preparaciones
Línea de productos: Ambion™, MICROBEnrich™
Cantidad: 20 preparaciones
Tecnología de aislamiento: captura por hibridación, perlas magnéticas
Tipo de muestra: bacterias, ARN, ARN total (mezcla de ARN de mamífero hospedador y bacteria)
Objetivo: ARN total
Tamaño de la unidad: cada una